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如果银行卡有钱扣短信费但余额不足，可以采取以下方法解决。
1、补充扣除短信费用的余额：确保银行卡账户中有足够的资金来支付短信费用，银行会从账户中扣除该费用，可以通过网上银行转账、ATM存款等方式向银行卡账户中存入足够的金额，以补足短信费用。
2、联系银行客服处理：可以联系银行的客服部门，说明情况，银行会帮助处理这个问题，如果是因为银行系统原因导致的误判，银行会协助解决并更新账户状态。
3、确认是否签订了短信服务协议：确认自己是否确实签订了银行卡短信服务协议，如果确实签订了该协议，可以按照上述方式处理，如果没有签订协议，可以向银行说明情况并请求取消该服务。
不同的银行在处理此类问题上的具体流程可能有所不同，可以根据自己使用的银行进行相应的处理，如果问题无法解决，可以寻求银行的进一步帮助和建议。